债券手续费通常计入以下科目：

1. 资产科目: 债券手续费可以计入非流动资产中的长期资产或待摊费用。长期资产包括固定资产、投资性房地产等，待摊费用是指将费用分摊到一定期间内，如债券期限内。

2. 负债科目: 债券手续费也可以计入负债科目中的长期负债或其他长期负债。这是因为债券手续费是作为债券发行成本的一部分，类似于银行贷款中的手续费。

3. 成本科目: 债券手续费也可以计入成本科目中的债券成本。债券成本是指债券的发行成本，包括债券手续费、律师费、评级费、承销费等。

需要注意的是，具体的会计处理方法可能因不同的会计准则和公司政策而有所不同。建议咨询会计专业人士或根据所在地的会计准则进行具体处理。